El 15 de setiembre de 1821, en el Palacio Nacional o Real de la Nueva Guatemala de la Asunción, mientras el pueblo clamaba “Viva la independencia” en la plaza, aupado por doña Dolores Bedoya de Molina, el capitán general D. Gabino Gaínza presidió la sesión con el fin de anexar a la Capitanía General, llamada también Reino de Guatemala, al naciente imperio mexicano. Ese deseo de Gaínza y de Mariano de Aycinena no fue posible, a pesar de que el mismo Aycinena, tío del marqués Juan José de Aycinena, recorrió la ciudad casa por casa, bajo una pertinaz tormenta sobre la capital del reino, la noche del 14 de setiembre, para invitar al pueblo a la sesión del día siguiente y solicitarles el apoyo a la anexión. Aycinena y Gaínza tenían comunicación epistolar con Agustín de Iturbide, quien lideraba las tropas insurgentes que enarbolaban el Plan de Iguala. Por parte de los partidarios de la independencia, la esposa de Pedro Molina, ferviente patriota que pugnaba por la independencia, doña Dolores Bedoya de Molina, protegida por un paraguas, recorrió la ciudad también casa por casa para entusiasmar al pueblo con la idea de la independencia y advirtiéndoles que era irrenunciable su asistencia a la sesión del día siguiente.
A Centroamérica llegaban, con razonable retraso por la dificultad de las comunicaciones, noticias sobre las luchas libertarias en México, iniciadas por el padre Hidalgo con el Grito de Dolores, y en América del Sur, presididas por el Libertador Simón Bolívar y el general San Martín, cuyos avances en la carrera por la independencia despertaban el fervor independentista y patriótico del pueblo centroamericano. Gaínza, los Aycinena y los criollos y peninsulares creían que a Centroamérica le convenía más la asociación con el imperio porque así conservaban el marquesado de los Aycinena y los privilegios de la burocracia real y evitaban la república con participación popular.
Por eso, Comayagua rechazó la independencia, mientras Tegucigalpa celebraba con repiques de campana, misa, quema de pólvora y algarabía popular en la Plaza Central, en donde se firmó el acta de adhesión. En esa plaza estaban presentes el alcalde Tomás Midence, el secretario Dionisio de Herrera y el joven Francisco Morazán, quien fue nombrado jefe de un grupo militar para enfrentar las amenazas de Comayagua de invadir Tegucigalpa.
Ocurría en Centroamérica una situación de supremo descontento de las provincias con la metrópoli Guatemala. Juan Fermín de Aycinena, migrante español radicado en Guatemala, formó un emporio para realizar, de manera monopólica, el comercio con la península. Su poder económico y político llegó a ser tan importante que logró comprar el título de marqués. Los Aycinena compraban la producción de las provincias centroamericanas para venderla en España e importaban la mercancía europea apetecida por los criollos y peninsulares. Pero el pago por las mercancías no satisfacía a los productores centroamericanos, de tal manera que unos días antes del 15 de setiembre, ese descontento con Guatemala llegó al grado de que algunas provincias, entre ellas Comayagua, habían proclamado su anexión al Imperio mexicano, y otras, Ciudad Real, Comitán y Tuxtla, proclamaron la independencia de España. La Capitanía General lucía desintegrada el 15 de septiembre.
La vida independiente duró apenas unos tres meses y días porque, el 5 de enero de 1822, los ayuntamientos, en contradicción con el Acta de Independencia y sin tener autoridad alguna, decidieron anexar a Centroamérica al Imperio mexicano, porque el regente del Imperio, D. Agustín de Iturbide, había enviado una misiva en la que advertía de que, si no realizaban la anexión, él la proclamaría mediante el uso de la fuerza. Algunas provincias habían advertido a México que no querían depender de la autoridad guatemalteca por las razones antes explicadas. El Reino de Guatemala era excesivamente pobre, incapaz de sostener el presupuesto gubernamental, y D. Agustín temía que una Centroamérica independiente, sin recursos ni poder militar, podría invadir España para convertir a Guatemala en una avanzadilla para retomar a México.
El pueblo estaba entusiasmado con la libertad y no paró de luchar hasta que el 1.º de julio de 1883, luego de la caída del imperio mexicano, el Congreso que mandaba el acta a reunirse proclamó la independencia absoluta de México, de España y de cualquier otra potencia.
