En efecto, fue un 18 de mayo de 1525 que Francisco de las Casas, primo de Hernán Cortés, fundó la villa y puerto bautizada con el nombre de Trujillo, su ciudad natal en España. Pero fue Cristóbal Colón en su cuarto y último viaje de exploración del Nuevo Mundo, el 14 de agosto de 1502, el primer europeo en desembarcar en este sitio ubicado en tierra firme del Caribe hondureño, celebrando la primera misa en el continente americano. William V. Davidson, geógrafo experto en Honduras, su pasado y su etno-historia, concluye que Trujillo, con su “geografía física única, es el más grande puerto natural en la costa oriental de Centroamérica. Aquí empezó la conquista y ocupación española del interior centroamericano”.
Durante el periodo colonial fue el principal puerto de esta provincia, exportando oro, zarzaparrilla y añil a la metrópolis hispana, La Habana, New Orleans, New York, Boston.
Los ataques piratas, estudiados por el compatriota Conrado Bonilla, redujeron su población e impactaron en su economía. No obstante, el censo de 1821 daba cuenta de la existencia de cuatro mil garífunas, procedentes de la isla de San Vicente, desembarcados en Punta Gorda, Roatán, en 1797, y gradualmente asentados en Belice, costa norte hondureña y nicaragüense, algunos cienes de españoles, mestizos, mulatos y negros franceses provenientes de Santo Domingo, colonia francesa, actual Haití. El siglo XIX presenció el renacimiento de Trujillo gracias a las exportaciones de ganado en pie y cueros desde Olancho hasta Cuba, y la importación de mercaderías. Para inicios del siglo XX, Amapala pasó a ser el principal puerto hondureño por la presencia y comercio de inmigrantes alemanes. La expansión de la agricultura de plantación por parte de transnacionales estadounidenses reavivó a Trujillo y Puerto Castilla, estableciéndose una filial de la United Fruit Co. bautizada como Truxillo Railroad Co. Empero, la autorización otorgada por el Congreso Nacional la eximió de la obligación contractual de construir línea férrea de Trujillo a Juticalpa, con ramal hacia Tegucigalpa, y el levantamiento de la línea férrea y los puentes que conectaban a Puerto Castilla y Trujillo con el resto de la costa norte. El resultado fue un prolongado período de decadencia y aislamiento del cual no se recupera plenamente. El turismo ofrece la alternativa más viable para una nueva etapa de prosperidad compartida, con la debida protección a su diversidad ecológica, previa, durante y después de la construcción de la infraestructura hotelera y vial.
Adicionalmente, la tenencia ancestral de la tierra por parte de nuestros compatriotas garífunas debe ser respetada, extendiendo los respectivos títulos de propiedad que confirmen su posesión centenaria de terrenos urbanos y rurales, hoy invadidos por intereses foráneos y locales, en violación de la legislación nacional y el Convenio 169 de la Organización Internacional del Trabajo (OIT) sobre Pueblos Indígenas y Tribales.