Fue Francisco Morazán, inspirado en las ideas de la Revolución francesa y de las revoluciones liberales independentistas de América, quien instauró, durante su ejercicio como presidente de la Federación, la separación del Estado de la Iglesia y quien impulsó la enseñanza laica. Morazán se enfrentó a una fuerte oposición liderada por la Iglesia católica, que había perdido todos sus privilegios. Esta oposición logró por fin la renuncia de Morazán a la Presidencia y la disolución de la Federación.
Una monja, hermana del Marqués de Aycinena, decía que hablaba con Dios todas las noches y que él le mandaba a luchar contra los herejes, como calificaban a los dirigentes de la Federación encabezados por Morazán.
La caída de Morazán y de la Federación la dirigió un indígena fanatizado llamado Rafael Carrera, que sitió Guatemala y obligó a Morazán a trasladar el gobierno federal a San Salvador. Carrera gobernó a Guatemala durante varios años mediante una tiranía respaldada por la Iglesia católica.
Destruida la Federación, la mayoría de los Estados cayeron en manos de una dirigencia conservadora que volvió a convertir al Estado en una organización confesional que proclamó, en las constituciones, a la religión católica como la religión oficial del Estado. Este mandato se introduce en la Constitución de 1831 y aparece en las de 1839, 1848,1865. Honduras se mantiene como un Estado confesional.
El laicismo reaparece en Honduras con la constitución de 1880, que establece la educación obligatoria, gratuita y laica. Esta constitución fue inspirada en las ideas reformistas que Marco Aurelio Soto y Ramón Rosa habían traído desde Guatemala y que aspiraban a introducir en Honduras una estructura estatal capitalista.
Durante el régimen de Policarpo Bonilla, en la constitución de 1894, se ratifica la calidad laica de la educación oficial y además introduce la libertad de conciencia para los profesores. El régimen de Tosta fue el producto de una terrible guerra que sacudió al país. La constitución de 1924 separa al Estado de la Iglesia y confirma la educación laica.
Durante el régimen tiránico de Carías, en 1936, la Constitución garantiza la enseñanza estatal laica, gratuita y obligatoria. En el artículo 60 de la Constitución promulgada por Carías se lee: Se garantiza la libertad de enseñar. La enseñanza sostenida con fondos públicos será laica, y la primaria será, además gratuita, obligatoria, costeada por los municipios y subvenida por el Estado.
Al asumir la Presidencia constitucional Ramón Villeda Morales, tras aprobar una nueva constitución, el principio de separación del Estado y la religión sigue vigente y se conserva la calidad de laica de la enseñanza pública.
Estos principios permanecen posteriormente en la constitución aprobada por el régimen militar y por la promulgada, cuando la Constituyente volvió a la república de Honduras al régimen democrático, que se vio interrumpido con el golpe de Estado de 2009. El principio de la educación laica se mantuvo incólume.
Hubo durante este período de alternancia presidencial algunos intentos de hacer que la Biblia fuera lectura obligatoria en las escuelas con el fin de -según se dijo- formar a los niños en el espíritu cristiano, mediante campañas impulsadas principalmente por las organizaciones religiosas protestantes; pero los intentos no tuvieron la acogida que los impulsores esperaban.
Actualmente, el Congreso Nacional pretende nuevamente introducir un decreto que mandaría obligatoria la lectura de la Biblia en las escuelas. Esta disposición es violatoria de la Constitución y de los principios de libertad que han alentado al Estado de Honduras a lo largo de su historia, desde la iniciativa de nuestro paladín Francisco Morazán.
El Congreso pide opinión a las iglesias sobre este asunto, y esto transgrede el mandato de que las Iglesias están deslindadas del Estado.
Cuando el general Santos Guardiola logró firmar un tratado con el Gobierno inglés para la devolución de las Islas de la Bahía y la Mosquitia, el Gobierno de Honduras aceptó una condición del Gobierno inglés: libertad para el ejercicio de la religión protestante en esos territorios devueltos a la soberanía nacional.
La Iglesia católica se opuso férreamente a esa concesión del Gobierno e inició una campaña en contra del presidente Guardiola, que pasó por la excomunión de Guardiola y la expulsión de la jerarquía católica. El presidente Guardiola fue asesinado mediante un complot liderado por la Iglesia.
Volver a los tiempos coloniales en los que la religión católica era la obligatoria y se penaba con sacrificios increíbles por la Santa Inquisición a quienes tenían otra creencia es retroceder hacia el pasado ignominioso.
