Créese en el mundo, sí señores, que Honduras se hizo independiente el 15 de septiembre de 1821. Así lo dice el escudo de armas. Así lo enseñan los historiadores. Así lo proclaman en odas y en himnos nuestros poetas nacionales. Más es un error. En aquella época se fueron, en efecto, las tropas del rey de España. Pero se quedaron las ideas, las costumbres, las rutinas. La república nueva siguió siendo, en el fondo, una vieja y leal colonia moral. Todos pensaban en aquella vieja madre patria, con ideas que atrasaban el progreso por más de dos siglos. Los conventos, los seminarios, las sacristías, eran directorios infalibles. Una majestad católica ideal, pero tan tiránica en vida, seguía oprimiendo al pueblo. Los años transcurrían con obscura mansedumbre, con sombría tranquilidad. El pueblo no pedía nada, pues la ignorancia le impedía saber qué había en el mundo, algo más grande que el sermón, algo más profundo que el catecismo. Sus deberes consistían en ir a misa y en pagar los impuestos. En cuanto al sufragio, al derecho de unirse, de exigir, de gobernarse, purísimas ilusiones. Y si esos eran sus deberes, sus alegrías no eran mayores.
De teatros nadie sabía, sino por oír hablar. Las compañías de la legua que allá llegaban de vez en cuando, eran todo, menos artísticas. No había arte tampoco. No había lujo, ni fiestas. Lo único que había, a cada instante, con cualquier pretexto, eran procesiones. Y así, siguiendo a Nuestro Señor o alabando a Santa María, iniciábanse los idilios. Las citas amorosas daban luego en la iglesia.
Y pasaban los años, monótonos. Pero llegó la mano liberal del célebre Dionisio de Herrera, archienemigo del vicario y provisor José Nicolás Irías Midence, oriundo de Comayagua – una ciudad que relucía por ser bastión del conservadurismo hondureño – y quien ahogaba los conatos de verdadera libertad y los vahídos de progresismo, conspirando en contra del alma del gobierno del abogado Herrera desde que este llegó al poder.
Nicolás Irías Midence, de linaje hispánico, no pasaba desapercibido en una Honduras que venía naciendo. Se dice que cuando viajaba, lo hacía rodeado de un séquito impresionante.
Las palabras del prelado Irías Midence a Dionisio de Herrera, al asumir como jefe de Estado el 16 de septiembre de 1824, resonaron en una Tegucigalpa liberal, habitada por doctos de la revolución francesa. “Ponga usted el bastón en la mesa, que no faltará quien lo empuñe...” entonaba el vicario. Este fue el inicio de la guerra en Honduras entre conservadores y liberales. Dionisio de Herrera sufrió un atentado en su propia casa, lo que intensificó el conflicto. Irías Midence aprovechó la situación para incitar a los civiles a levantarse en armas contra el gobierno. En 1826, excomulgó a Herrera, acusándolo de influencias masónicas y herejía. Además, buscó apoyo militar en Guatemala y El Salvador, países que respondieron favorablemente a sus peticiones.
Guatemala envió tropas bajo el mando de José Justo Milla, logrando derrocar a Herrera el 10 de mayo de 1827. Sin embargo, el general Francisco Morazán y el ejército liberal unionista derrotaron a Milla en la Batalla de la Trinidad. Irías Midence huyó de los liberales y se exilió de Honduras, dejando como sucesor en el obispado al presbítero Mariano Castejón.
José Nicolás Irías Midence regresó del exilio en 1839, ya anciano, retirándose a la localidad apartada de Boca del Monte, donde vivió sus últimos años aquejado por el cansancio hasta su fallecimiento en 1842, a los 68 años de edad.
Este fue el preludio de la “Guerra de los Padres”, seguido por el levantamiento del cura Miguel del Cid, vicario de Comayagua, en 1857. Del Cid, sucesor del obispo Hipólito Casiano Flores y seguidor de la filosofía conservadora de Irías Midence, llamó a las armas a feligreses y otros curas contra las autoridades gubernamentales en 1860. A pesar de las atrocidades cometidas durante las rebeliones, las tropas hondureñas del presidente José Santos Guardiola lograron aplastarlas, marcando un punto de inflexión que culminó con la pacificación con el nombramiento del nuevo obispo Juan de Jesús Zepeda y Zepeda.