Affleck se casó más tarde con la estrella de ‘Alias, Jennifer Garner, con quien comparte tres hijos, Violet, de 16 años, Seraphina, de 14, y Samuel, de 10. Ben finalizó su divorcio en 2018 y después salió con la productora de ‘Saturday Night Live’, Lindsay Shookus, y con la actriz cubana Ana de Armas, a quien conoció en el rodaje de la película ‘Aguas profundas’.