El primer japonés de la historia que participó en una misión espacial tripulada fue el periodista de la cadena televisiva TBS Akiyama Toyohiro, que en diciembre de 1990 partió a bordo de la Soyuz y pasó 6 días en la estación espacial Mir.
Ese mismo año, Mōri Mamoru fue seleccionado por primera vez como candidato para una misión espacial en la Agencia de Desarrollo Espacial (actual JAXA). Mōri viajó al espacio a bordo de la nave estadounidense Endeavour en 1992.
En 1994 Mukai Chiaki se convirtió en la primera mujer japonesa y asiática en participar en una misión espacial tripulada. Mukai participó en su segunda misión en 1998, antes del segundo vuelo de Mōri Mamoru en 2000, por lo que se convirtió en la primera astronauta japonesa en viajar en varias misiones espaciales.
En 2003, Japón lanzó la sonda espacial Hayabusa, 7 años después regresó a la Tierra, la sonda espacial obtuvo muestras de roca del asteroide Itokawa. En 2014, se realizó el lanzamiento de la sonda de exploración de asteroides Hayabusa 2.
En 2009, se iniciaron las operaciones en el módulo de experimentación japonés Kibō de la Estación Espacial Internacional. Ese año la sonda Hayabusa 2 aterrizó en el asteroide Ryūgū y recolectó rocas subterráneas. Su regreso a la Tierra está programado para finales de 2020.
Desde 2008, Japón realiza distintos tipos de experimentos en la Estación Espacial Internacional y aunque actualmente no puede enviar misiones tripuladas al espacio, eso podría cambiar en el 2025.
