Se realizan modificaciones en la dieta para evitar desequilibrios en la microbiota. De acuerdo con Mayo Clinic, los factores de riesgo para el sobrecrecimiento bacteriano del intestino delgado (SIBO) son:Cirugía gástrica, Defectos estructurales en el intestino delgado, Lesiones en el intestino delgado, Fístulas entre dos segmentos del intestino, Enfermedades como la enfermedad de Crohn, linfoma intestinal o esclerodermia que afectan el intestino delgado, Radioterapia en el abdomen, Diabetes, Diverticulosis en el intestino delgado y Adherencias causadas por una cirugía abdominal previa.