Durante su matrimonio, la pareja vivió en diversos lugares, especialmente en las zonas montañosas de Sinaloa, donde Guzmán tenía una fuerte red de protección. En 2011, Emma dio a luz a sus hijas gemelas, Emaly Guadalupe y María Joaquina, en California, Estados Unidos. Este evento marcó un punto importante en su vida personal, pues ella optó por dar a luz en su país de origen, asegurando la ciudadanía estadounidense para sus hijas.