Molina, acusada de lavado de activos, fue condenada en diciembre de 2016 a 12 años y tres meses de prisión por el saqueo al Instituto Hondureño de Seguridad Social , sin embargo, en marzo de 2020, un juzgado penal le otorgó libertad condicional.
El ente acusador indica que en relación a Ilsa Vanessa Molina Aguirre, miles de folios de prueba documental y pericial demostraron que ésta participó en el desfalco del IHSS con un blanqueo de 10 millones de lempiras, valiéndose de una relación sentimental que mantenía con el entonces Gerente de Compras, Materiales y Suministros, José Alberto Zelaya Guevara .