Tienes razón de sentirte incómodo y confundido. Aunque tus padres tienen diferentes religiones necesitan ponerse de acuerdo a qué iglesia llevarán a sus hijos.
Así que diles que lo hagan, pues no te corresponde elegir. Si ellos no llegan a entenderse, platícalo con un familiar de confianza, puede ser un tío o abuela. Ellos harán reflexionar a tus padres.