Su agonía -antesala de su extinción de no adoptarse medidas urgentes- ha sido gradual pero continua. Distintos factores han conducido a su actual estado terminal, en perjuicio directo de los derechohabientes, cuyas aportaciones son mensualmente deducidas de sus salarios.
La creciente deuda acumulada por parte de distintos Gobiernos con este ente autónomo ha ido creciendo, al igual que la mora patronal, sin intentar cuando menos su readecuación, detallando la forma y fechas de pago. A ello debe agregarse la contratación de empleados no técnicos ni especializados, lo que ha generado exceso de personal supernumerario colocado por los partidos políticos en calidad de activistas, culminando con el saqueo de los fondos institucionales para financiar campañas electorales, algo que fue públicamente admitido por administraciones anteriores nacionalistas.
El semiabandono de las clínicas periféricas, el desabastecimiento de fármacos y equipos, los elevados emolumentos y prestaciones devengados por los altos funcionarios, la utilización del patrimonio y reservas para fines indebidos; entre ellos, el financiamiento de otras instituciones previsionales, la no actualización de estudios actuariales del sistema de cotización sin techos mínimos ni máximos a fin de que quienes perciben mayores ingresos aporten más, la no evaluación periódica del rendimiento laboral del personal, la falta de transparencia en la compra de medicamentos y materiales, el tráfico en el otorgamiento de incapacidades a cambio de sobornos, entre otras irregularidades, impide el poder ampliar su cobertura a nivel nacional e incorporar a trabajadores agrícolas, transportistas, deportistas, entre otros.
Distintos sectores han ofrecido diagnósticos y propuestas para su rehabilitación integral, entre ellos, el Colegio Médico, organizaciones de la empresa privada, federaciones obreras, mismas que deben ser tomadas en cuenta, para ello convocando a diálogos permanentes en que estén representados ante la junta directiva del IHSS. Las distintas juntas interventoras nombradas por el Poder Ejecutivo para su recuperación no han logrado cumplir a cabalidad las funciones y cometidos de ellas esperados, lo que agrega un justificado sentimiento de frustración en la población.
El priorizar la medicina preventiva antes que la curativa constituiría un mayor estado de bienestar cualitativo para los derechohabientes, al igual que un ahorro significativo en los menguantes recursos de la institución, creada durante el régimen de la junta militar de Gobierno que asumió el poder en octubre de 1956, de ello hace siete décadas.