El pabellón nacional fue creado el 7 de marzo de 1866. Está basado en la bandera de las antiguas Provincias Unidas del Centro de América.
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1823 - 1824 Bandera de las Provincias Unidas de Centroamérica.
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1824 - 1839 Bandera de la República Federal de Centroamérica.
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1839 - 1866 Bandera de Honduras que constaba de tres franjas horizontales, dos de color azul fuerte y una blanca en el centro de las azules.
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1866 - 1898 Bandera de Honduras que tenía cuatro estrellas azules juntas sobre la franja blanca y una en el centro de las cuatro estrellas. Cabe mencionar que las estrellas estaban ligeramente rotada a la derecha.
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1866 - 1898 Bandera alternativa a la anterior, solo se cambió la posición de las estrellas, las cinco estrellas formaban una 'U'.
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1898 - 1949 Las estrellas eran de color dorado y tenían las misma posición que la bandera creada en 1866.
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1949 - actualidad: Bandera actual y oficial de Honduras, constan de 4 estrellas separadas en forma de rectángulo colocadas en el centro de la franja de color blanco y una estrella en el centro de las otras cuatro, sus dos franjas azules son turquesas.